In diesem Fall macht man das dann so, dass die Anwendung, die den Server bzw. den Java-Prozess startet, auch die PID vom Java-Prozess übermittelt, die er dann verwaltet.
Jene Anwendung kann dann auch stdin vom Server passend umleiten, um Befehle in die Konsole zu schreiben.
Batch kann das nicht selbst AFAIK, aber PowerShell kann das:
$p = Start-Process -PassThru -FilePath java.exe -ArgumentList @("-jar", "C:\Server\server.jar")
Write-Host "PID: $($p.Id)"